ニューヨークのスラム街で起きていた怪事件によって周囲の人間から疎まれていた少女ソネット・バージ。タロンは少女の超能力に目を付けエスパーサイボーグのタロンの戦士へと改造する。超能力狼少女、小松崎蘭とエスパーサイボーグ、ソネットの戦いが幕を上げる。

ランに眠る紅い牙が目を覚まし、安曇重工技術研究所はソネットとバードと共に消え去った。危篤であった桐生仁とランは生存を果たし、洞窟に囚われたソネットとバードは脱出を図る。その間にも研究所の新型兵器タランチュラⅡが自律起動を始め、タロンは組織の存在が露見しないよう破壊することを決めたのであった…

仲間の犠牲によって成し得た、タロンの存在とタランチュラⅡを写す大スクープは握りつぶされた。責任のために左遷された榛原克規の養女・奈留はタロンの裏切り者Kの秘密を吐き出させるために誘拐されてしまう。親友を救うため、ランは戦うのであった…

再びベースを握り、コンサートに望むバード。トラブルはあったものの大団円に終わる。一方無人島からの帰還を果たしたランは、由里が行方不明になり奈留がゲシュペンストに操られていることを知る。ランたちはゲシュペンストから奈留を救うため動き始める…

両親と再会を果たした奈留。しかし姉の惨状と自らの出自を知ってしまう。ランたちはタロンの情報を追いかける中、飛行機の爆発事故が起きたことを知る。犠牲者の中にはタロンの要人もおり、タロンを恨むイワンの仕業とラン以外の仲間は疑いを深める。ランたちは犯人を突き止めることは出来るのか…

屋敷に潜入した由里とラン。ESPで次々と屋敷の人間が殺されていく光景を目にし、ランはタロンの思惑通りイワンと戦いを始めてしまう。その中、世間の若者では新型CDプレイヤー「レボ」によるエクスタシーが流行り、一種の麻薬症状まで起きていた。裏から操る秘密結社タロンの思惑とは…

遂に大きく行動を始めた秘密結社タロン。タランチュラを奪われてしまったランたちは最終決戦の地、阿蘇へと向かう。超能力狼少女ランはタロンとの因縁を終わらせられるか。紅い牙の行く末は。翻弄された少年少女たちの結末とは…