無期停学がとけて男塾へ復帰した二号生筆頭・赤石剛次。その復帰式で富樫をギロチンで処刑しようとした赤石に、一号生筆頭の剣桃太郎は戦いを挑んでいく。赤字経営に悩む男塾塾長・江田島平八は、桃太郎と明石の生死を賭けた戦いを男塾名物公開「殺シアム」として観客を集めて……!?

アメリカから留学生を受け入れた男塾は、日米親善を体裁にトゲだらけのグラブで戦う「撲針愚（ぼくしんぐ）」を開始する。その１番手となった富樫は、対戦相手であるボクシングチャンピオン・ブライアンに苦戦するが、足を使った逆転ＫＯカウンターパンチで勝利する。そして、キースに勝利した剣桃太郎は、赤石と引き分けた猛者・Ｊと対決を……!?

男塾へ見参した伊達臣人率いる関東豪学連を、迎え撃とうとする剣桃太郎ら一号生達。しかし、突然現れた男塾塾長・江田島平八の提案で、彼らは４人ずつ代表を出して「驚邏大四凶殺（きょうらだいよんきょうさつ）」を受けることになる。その代表は、桃太郎、富樫、Ｊ、そして半年も獄悔房にぶち込まれていた虎丸に決まって……!?

驚邏大四凶殺（きょうらだいよんきょうさつ）で、自らを犠牲にして敵を倒し、散っていった富樫、Ｊ、虎丸。彼らの思いを背負い、必ず勝つと誓った剣桃太郎は、第４の凶で伊達臣人との戦いに挑んでいく。そんな桃太郎を応援しようとする一号生達は、大塾旗をあげて大鐘音のエールを……!?

三号生筆頭・大豪院邪鬼に天動宮への出頭を命じられた剣桃太郎、富樫、Ｊ、虎丸。しかし彼らは、天動宮に行く途中で控える刺客に襲われる。Ｊのマッハパンチで蝙翔鬼を倒し、虎丸の根性でディーノを負かして、鎮守直廊を突破した桃太郎達だったが、邪鬼に兄を殺された怨みを持つ富樫が、単身で天動宮へ突入していき……!?

かつて敵だった伊達臣人達を仲間に加えて、大威震八連制覇（だいいしんぱーれんせいは）に挑む剣桃太郎達。闘死した雷電と友情を交わしたＪは、蝙翔鬼を倒して卍丸と対決するが、死闘の末に伝説のフラッシュ・ピストン・パンチを打ち込んで……!?

大威震八連制覇（だいいしんぱーれんせいは）の第二戦で、パートナーの富樫の血闘援で勢いを取り戻した飛燕は、独眼鉄を倒して、強敵のセンクウに最終拳で深手を負わして死んでいく。そんな飛燕の死を無駄にしないと誓う富樫だったが、硫硝酸盆の上に浮かぶ不安定な石の上で戦うことになり、拳法の達人であるセンクウを相手に不利な勝負を……!?

大威震八連制覇（だいいしんぱーれんせいは）の第三戦、羅刹の縄縛環で身動きが取れなくなった伊達臣人は窮地に陥ってしまう。パートナーの虎丸は、火の海を泳いで渡り、伊達を助けるために駆けつける。そこで羅刹からの攻撃を受けて両腕が使えなくなった虎丸だったが、頭突きで石柱を砕いて、伊達を自由に……!?

大威震八連制覇（だいいしんぱーれんせいは）の最終闘で、伝説の男・影慶と激闘を繰り広げる剣桃太郎は、影慶のブーメランを粉砕して優位に立つ。しかし桃太郎は、死奥義の毒手拳を出した影拳の幻惑に、様子がおかしくなってしまう。なんとか幻惑を見切って勝利した桃太郎は、ついに大豪院邪鬼と対決を……!?

極悪非道の藤堂兵衛を討つべく、彼の主催する天挑五輪大武會（てんちょうごりんだいぶかい）で優勝を目指す事になった剣桃太郎達。死んだはずの仲間達が加わった男塾十六戦士は、参加者が同時に戦う生き残り戦を展開する予選リーグ第一会場に降りたつ。そして、衒蜥流十六人衆を相手に一人で戦おうとするＪだったが……!?

対戦相手の頭を地面にめりこませて人柱にする淤凛葡繻十六闘神（おりんぽすじゅうろくとうしん）と戦う事になった男塾。凄まじいスピードで一輪車攻撃をするアキレスと対決したセンクウは、アキレスの周囲に張り巡らせた鋼線上に回した複数のコマ攻撃で追いつめていく。しかし、土の中に潜ったアキレスの反撃で深手を負ったセンクウは、窮地に陥るのだが……!?

ケンタウロスとの死闘で目をつぶされた月光だったが、その後も前と変わらぬ動きと攻撃を見せる。実は生まれつき盲目であった月光は、とぎすまされた心の目でケンタウロスを倒し、蝙翔鬼の仇を討つ。そして、淤凛葡繻十六闘神（おりんぽすじゅうろくとうしん）の主神である聖紆塵（ぜうす）と大豪院邪鬼が、ついに宿命の対決を……!?

息絶えた影慶に代わって、颱眩法師との勝負に挑む飛燕。鋼のような筋肉を持つ颱眩法師に千本が通用せず、苦戦を強いられる飛燕だったが、颱眩法師の頭部を千本で貫いて勝利する。そして、厳娜亜羅（がんだーら）三宝聖の一人、牛宝と対戦した羅刹は、ゴムのような体の牛宝に兜指愧破が使えず、その体を使った縦横無尽の攻撃に翻弄されるのだが……!?

口から炎を吹く竜宝の炎と剣の二段攻撃にさらされる伊達臣人は、竜宝の持っていた火薬粉を利用して逆転勝ちする。そして、厳娜亜羅（がんだーら）の大将・朱鴻元と対決した剣桃太郎は、雪の中からの刃攻撃を攻略して朱を追いつめていくが、厳娜亜羅の長老達から掛けられた呪いで手足が動かなくなり……!?

決勝トーナメント初戦の対戦相手である宝竜黒蓮珠（ぽーろんこくれんじゅ）の３人を鮮やかに倒した赤石剛次。その後、二身一体拳を使う阿們（あもん）と●（●:「口」編に「云」）們（うんもん）と戦う事になった富樫と虎丸だったが、凄腕の阿們達の攻撃を受けて窮地に陥ってしまう。しかし、根性で危機を脱出した富樫と虎丸は、二人で編み出した新必殺奥義を……!?

決勝トーナメントの第２戦で、不気味な王家の谷の守護者達（ファラオ・スフィンクス） と対戦する男塾。そこへ現れたミイラ男のようなジェセルに挑んだセンクウは、さまざまな攻撃でジェセルに重傷を負わせるが、一滴の血も流れないジェセルの不死身の肉体に驚愕する。そして、切り落としたジェセルの腕に攻撃されて負傷したセンクウは、ジェセルの足下から出る水蒸気を見て、その正体を見破り……!?