さまざまな人間に変装する殺し屋・蛹（ピューパ）に狙われた政治家の土建（つちだて）を警護することになった的場イサム（まとば・いさむ）と梓弓鶴（あずさ・ゆづる）。人で賑わう夏祭りで、飲み屋のママに化けて近づく蛹を見破った的場は、梓と連携して追い詰めていく。しかし、別の変装をした蛹に騙された梓が捕まってしまって……!?

警視庁の特殊機動殺人課に異動した梓弓鶴（あずさ・ゆづる）を探す的場イサム（まとば・いさむ）は、計目（はかりめ）に警視庁の地下深くへ連れて行かれる。そこで、特殺課メンバーからの過酷なシゴキで倒れる梓を見た的場は、彼らに殴りかかっていく。特殺課メンバーの攻撃を見切ってかわす的場だったが、その上をいく副長・仁倉（にくら）によって簡単に倒されてしまい……!?

どんなに銃撃を浴びても凄まじい執念で立ち上がり、獲物を追い求めるテロリスト・猛神（たけがみ）。そんな彼の姿に恐怖を感じ始めていく的場イサム（まとば・いさむ）。そして、計目（はかりめ）の一撃で死んだはずだった猛神が再び立ち上がり、ネオテラーという存在を知らされた的場は、人間離れした不死身の猛神に対してどのように戦うのか……!?

無念の死を遂げたコンビニ店員・荒垣（あらがき）がネオテラー化し、闇の拳銃使い（ダーク・ガンスリンガー）へと変身する。そして、究極の正義を掲げる闇の拳銃使いは、拘置所を占拠して悪党達を抹殺していく。そこで、出動となった的場イサム（まとば・いさむ）をはじめとした特殺課メンバーだったが、銃を持ったネオテラー集団が立ちはだかり……!?

闇の拳銃使い（ダーク・ガンスリンガー）と戦う的場イサム（まとば・いさむ）は、神の殺し屋と名乗る墓場忌太郎（はかば・きたろう）と知り合い、神殺しの技「発気」を伝授される。そんな的場の前に、女囚達を女体銃として改造した小拳銃使い（ミニ・ガンスリンガー）が現れる。死にたくないと叫ぶ女囚達をなかなか撃てない的場だったが……!?

死祭イサム（しまつり・いさむ）となって闇の拳銃使い（ダーク・ガンスリンガー）に死気を撃ち込み、姿を消した的場イサム（まとば・いさむ）。その直後に様子がおかしくなった梓弓鶴（あずさ・ゆづる）は、自分を死祭彩音（しまつり・あやね）だと話し出す。時空を超えて闇の拳銃使いと対決する的場は……!?　そして、相撲部屋に新たなネオテラーが出現して……!?

炭化した死体が詰まったドラム缶が発見され、その捜査の過程で出てきたネオテラーの奇妙な死体から、事件解明に乗り出した的場イサム（まとば・いさむ）をはじめとした特殺課メンバー達。その現場を検証した梓弓鶴（あずさ・ゆづる）は、ネオテラーの死体の特徴が最近見るおかしな夢と一致する部分があることに気付くのだが……!?

死気銃との戦いで死祭彩音（しまつり・あやね）を失って、悲しみに暮れる的場イサム（まとば・いさむ）。そんな的場を元気づけようとした団子桜（だんご・さくら）は、梓弓鶴（あずさ・ゆづる）に一蹴されて、特殺課メンバーと喧嘩別れしてしまう。そして桜は、謎の男・首藤（しゅどう）に嵌められて、拳銃神に仕える巫女にされてしまい……!?　的場と梓が迎える最後の戦いとは？　怒濤のガンアクション、ついに完結！